Cutie de viteze integrată.

Acest design asigură, mai ales, beneficii privind echilibrul greutății, însă și în ceea ce privește caracteristicile de torsiune. Așa cum s-a întâmplat în cazul structurii compacte și ușoare, uleiul adițional pentru cutia de viteze care era înainte necesar pentru lubrifierea cutiei de viteze nu mai este necesar. La fel ca înainte, canelurile tăiate elicoidal, de mare rezistență, sunt utilizate pe roțile dințate pentru o angrenare lină, o funcționare silențioasă și fără probleme. Și la fel ca mai înainte, arborii cutiei de viteze sunt prevăzuți cu rulmenți anti-frecare din noul sistem de transmisie, în timp ce roțile dințate (roțile dințate libere) rulează pe rulmenți cu ace pentru un nivel scăzut de frecare. Roțile dințate și, prin urmare, angrenajele sunt cuplate cu ajutorul unui tambur al selectorului fabricat din oțel montat pe rulmenți cu bile, trei furci de comutare carburate cu capete placate cu crom dur și manșoane culisante pentru un racord blocat la frecare al perechilor de roți dințate.

Sistemul de transmisie utilizat pentru modelul R 1200 GS pentru prima dată și care este prima serie de motor cu cilindri opuși orizontali de la BMW Motorrad, este prevăzut cu un ambreiaj cu mai multe discuri în baie de ulei cu opt discuri de fricțiune față de cuplajul uscat cu un singur disc anterior. Avantajele acestei soluții sunt atât cuplul indus de inerția redusă datorită diametrului exterior semnificativ mai scăzut de 147 de milimetri (R 1200 GS anterior: 180 mm) și a designului mai compact, în general. Pentru prima dată în cazul unui motor cu cilindri opuși orizontali, sistemul de ambreiaj este prevăzut cu un mecanism anti-hopping. Cu acesta, cuplul de frânare pe motor redus este retransmis către roata din spate prin inerție astfel încât motocicleta să rămână și mai stabilă și mai sigur de manevrat în timpul frânării.